El almacenamiento de metanol está básicamente sujeto a las mismas disposiciones que el almacenamiento de la gasolina. Por lo general, el metanol se almacena en zonas de tanques que consisten en tanques exteriores con techos flotantes y tanques menores flotantes con deflectores internos. Los tanques deben estar conectados a tierra para evitar los peligros relacionados con las descargas de electricidad estática. El control de inflamación puede ser una atmósfera de nitrógeno, gas natural o por designación de una zona de peligro con control de inflamación.

Ya que el metanol se almacena comúnmente con otros disolventes y materias primas, todas las tuberías y válvulas que puedan estar en contacto con metanol deben etiquetarse sistemáticamente y se debe indicar el sentido del flujo. Todos los materiales de almacenamiento, incluidas las cajas y los barriles, requieren que haya bermas y ventilación adecuada. Las bermas deben estabilizarse por medio de compactación, usando una tela adecuada resistente al metanol, o con hormigón. Debido a las propiedades disolventes del metanol, los residuos no destilables del petróleo, el asfalto y el aceite para carreteras no son adecuados como cubiertas para bermas ni como materiales de estabilización.

El metanol arde con una llama no luminiscente, que puede ser invisible a la luz solar brillante. El personal de respuesta debe estar equipado con dispositivos infrarrojos que permitan la detección de calor remota y de la temperatura relativa. Es muy recomendable tener esta capacidad en el aire con un helicóptero de respuesta de emergencia, si es posible. 

Al ser considerado como inflamable de primera categoría, las condiciones de almacenamiento deberán ser extremas. Está prohibido el transporte de alcohol metílico sin contar con los recipientes especialmente diseñados para ello. La cantidad máxima de almacenamiento de metanol en el lugar de trabajo es de 200 litros.

Las áreas donde se produce manipulación y almacenamiento de metanol deberán estar correctamente ventiladas para evitar la acumulación de vapores. Además los pisos serán impermeables, con la pendiente adecuada y con canales de escurrimiento. Si la iluminación es artificial deberá ser antiexplosiva, prefiriéndose la iluminación natural. Así mismo, los materiales que componen las estanterías y artefactos similares deberán ser antichispa. Las distancias entre el almacén y la vía pública serán de tres metros para 1000 litros de metanol, aumentando un metro por cada 1000 litros más de metanol. La distancia entre dos almacenes similares deberá ser el doble de la anterior.